Ticket #28276: Portfile.2.diff

File Portfile.2.diff, 7.3 KB (added by matt.cottrell@…, 13 years ago)

Added dependency xorig-libXaw

  • Portfile

    old new  
    44PortSystem              1.0
    55
    66name                    arb
    7 version                 5.1
    87epoch                   1
     8version                 5.2
    99categories              science
    1010maintainers             me.com:matt.cottrell
    1111platforms               darwin
    … …  
    2323                        (http://tech.groups.yahoo.com/group/arb_users/). Citation: Wolfgang Ludwig, et al. (2004) ARB: a software environment \
    2424                        for sequence data. Nucleic Acids Research. 32:1363-1371.
    2525
    26 fetch.type              svn
    27 svn.url                 http://svn.mikro.biologie.tu-muenchen.de/svn/branches/stable_5.0
    28 svn.revision            6215
    29 svn.method              checkout
    30 #fetch.user             coder             
    31 #fetch.password         gimmeARBsource
    32 #work around until ticket #21232 is resolved
    33 svn.args                --username coder --password gimmeARBsource
     26master_sites            http://download.arb-home.de/release/arb_${version}/
     27distname                arbsrc
     28extract.suffix          .tgz
     29dist_subdir             ${name}/${version}
     30worksrcdir              arbsrc_6779
     31
     32checksums               sha1    4ee493a16ece5231d46ed1071407c06e733d67c8 \
     33                        rmd160  d9d99d0ebadaa293091ff93f6ca588b2321bd8b0
     34
     35depends_build           port:gsed \
     36                        port:imake \
     37                        port:makedepend
    3438
    3539depends_lib             port:openmotif \
    3640                        port:lynx \
    37                         port:gsed \
    38                         port:imake \
    3941                        port:sablotron \
    4042                        port:mesa \
    4143                        port:glw \
    4244                        port:glew \
    4345                        port:tiff \
    44                         port:libpng
     46                        port:xfig \
     47                        port:gv \
     48                        port:libpng \
     49                        port:xorg-libXaw
    4550
    4651patchfiles              patch-ARB-config.makefile.diff \
    4752                        patch-ARB-makefile.diff \
    4853                        patch-ARB-RNA3D_GlobalHeader.hxx.diff \
    4954                        patch-ARB-DARWIN.pl.diff \
     55                        arb_intro.fig.diff \
    5056                        patch-ARB-glpng.diff
    5157                       
    52 worksrcdir              stable_5.0
     58                       
     59platform darwin       {
     60                       if {${build_arch} == "ppc" || ${build_arch} == "i386" } {
     61                           set is64bit 0
     62                           if {${os.platform} == "darwin" && ${os.major} >= 9} {
     63                              if {[sysctl hw.cpu64bit_capable] == 1} {
     64                                  ui_msg "64-bit capable hardware: Building 32-bit ARB.  Check the setting of build_arch in ${prefix}/etc/macports/macports.conf"
     65                               } else {
     66                                  ui_msg "not 64-bit capable hardware: Building 32-bit ARB."
     67                               }
     68                            } else {
     69                               ui_msg "unable to determine 64-bit hardware capability: Building 32-bit ARB."
     70                            }
     71                       } else {
     72                          set is64bit 1
     73                          ui_msg "64-bit capable hardware: Building 64-bit ARB."
     74                       }
     75}
     76
     77configure              {
    5378
    54 configure               {
    5579                        reinplace "s| sed | gsed |g" ${worksrcpath}/GDEHELP/MENUS/align.menu \
    5680                                                     ${worksrcpath}/util/arb_check_build_env.pl \
    5781                                                     ${worksrcpath}/arb_install.sh \
    … …  
    7397
    7498                        reinplace "s|OSX_SDK:=/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk|OSX_SDK:=${configure.sdkroot}|g" ${worksrcpath}/Makefile
    7599
    76                         if {${build_arch} == "ppc" || ${build_arch} == "i386"} {
    77                             set is64bit 0
    78                         } else {
    79                             set is64bit 1
    80                         }
    81100                        reinplace "s|@@64BIT@@|${is64bit}|g" ${worksrcpath}/config.makefile
    82101}
    83102
    84103build.env-append        PREFIX=${prefix} \
    85104                        ARBHOME=${worksrcpath} \
    86105                        PATH=${worksrcpath}/bin:$env(PATH)
    87 
     106                       
    88107build.args              GCC=${configure.cc} \
    89108                        GPP=${configure.cxx} \
    90109                        CPPreal=${configure.cpp}
    … …  
    101120                        file copy ${worksrcpath}/PERL_SCRIPTS ${destroot}${prefix}/share/arb/PERL_SCRIPTS
    102121                        file copy ${worksrcpath}/SH ${destroot}${prefix}/share/arb/SH
    103122                        file copy ${worksrcpath}/demo.arb ${destroot}${prefix}/share/arb
    104                         file attributes ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/arb_tcp.dat -permissions a+w
    105                         file attributes ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/pts -permissions a+w
    106                         file attributes ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/macros -permissions a+w
     123                        system "chmod a+w ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/arb_tcp.dat"
     124                        system "chmod a+w ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/pts"
     125                        system "chmod a+w ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/macros"
    107126                        ln -s ${prefix}/bin/arb_pt_server ${destroot}${prefix}/share/arb/bin/arb_pt_server
    108127                        ln -s ${prefix}/bin/arb_name_server ${destroot}${prefix}/share/arb/bin/arb_name_server
     128                        system "rm -rf `find ${destroot}${prefix}/share/arb -type d -name .svn`"
    109129}
    110130
    111 # to be investigated later
    112131universal_variant       no
    113132
    114 post-activate           {
    115                         system "rm -rf `find ${prefix}/share/arb -type d -name .svn`"
    116 }
    117 
    118133notes "
    119134****************************************************************
    120135Before running ARB you must set ARBHOME and add ARB to your PATH
    … …  
    122137
    123138You have two options (A is easier, B is more difficult):
    124139
    125 A) Open a new terminal window and type arb_macsetup to set up your environment automatically
     140A) Easy - open a new terminal window and type arb_macsetup to set the necessary environment variables automatically.  This script also enables keyboard shortcuts used in the sequence editor.
    126141
    127142or
    128143       
    129 B) Follow the steps below:
     144B) More difficult - follow the steps below:
    130145
    131 1a)
     1461)
    132147bash users add the following lines to your ~/.profile or to your ~/.bashrc
    133148
    134149      ARBHOME=${prefix}/share/arb;export ARBHOME
    … …  
    137152
    138153      enter the following command:
    139154      . ~/.profile
    140 1b)
     1552)
    141156tcsh users add the following lines to your ~/.cshrc
    142157      setenv ARBHOME ${prefix}/share/arb
    143158      setenv PATH ${prefix}/share/arb\:\$PATH
    144159
    145160      enter the following command:
    146161      source ~/.cshrc
    147 2)
     1623)
     163create a text file in your home folder called .xmodmap that contains the text below:
     164
     165clear Mod1
     166clear Mod2
     167keycode 63 = Mode_switch
     168keycode 66 = Meta_L
     169keycode 69 = Meta_R
     170add Mod1 = Meta_L Meta_R
     171add Mod2 = Mode_switch
     172
     173C)
     174to set up ARB for another user on this computer log into their account and type ${prefix}/bin/arb_macsetup
     175
     176D)
    148177type arb to start ARB
    149178
    150179A demo data base is located at ${prefix}/share/arb.demo.arb