Ticket #37043: Portfile.diff

File Portfile.diff, 9.4 KB (added by mattcottrell, 11 years ago)

Portfile diff to install arb 5.5

  • Portfile

    old new  
    55
    66name                    arb
    77epoch                   1
    8 version                 5.3
    9 revision                7
     8version                 5.5
    109categories              science
    11 maintainers             mac.com:matt.cottrell 
     10maintainers             mac.com:matt.cottrell
    1211platforms               darwin
    1312
    1413description             ARB graphical DNA, RNA and amino acid sequence analysis tool
    … …  
    2827distname                arbsrc
    2928extract.suffix          .tgz
    3029dist_subdir             ${name}/${version}
    31 worksrcdir              arbsrc_8210
     30worksrcdir              arbsrc_9167
    3231
    33 checksums               sha1    535b72bfbf99f498deee17824c1f167228ad2088 \
    34                         rmd160  d4b240da693f903d0e8bd59f4b1f1043b6935508
     32checksums               sha256    25246355ccaebff2e3350a553732636896f0f9f21eca3bb2bcf75cbeb7ac92a9 \
     33                        rmd160  f8b7b12cd9259b1b0f7cbbc29aca4f85585e8b9f
    3534
    3635depends_build           port:imake \
    3736                        port:makedepend
    … …  
    4443                        port:glew \
    4544                        port:xfig \
    4645                        port:gv \
    47                         port:xorg-libXaw
     46                        port:xorg-libXaw \
     47                        port:gtime
    4848
    4949patchfiles              patch-ARB-config.makefile.diff \
    50                         patch-ARB-makefile.diff \
    51                         patch-ARB-RNA3D_GlobalHeader.hxx.diff \
    52                         patch-ARB-DARWIN.pl.diff \
    5350                        patch-ARB-intro.fig.diff \
    54                         patch-GDEHELP-Makefile.diff
    55                        
     51                        patch-ARB-glpng.h.diff \
     52                        patch-ARB-glpng.c.diff \
     53                        patch-ARB-RNA3D_Textures.cxx.diff
     54
    5655configure               {
     56                        if {${build_arch} == "ppc" || ${build_arch} == "i386"} {
     57                            set is64bit 0
     58                        } else {
     59                            set is64bit 1
     60                        }
     61
     62                        file copy ${worksrcpath}/config.makefile.template ${worksrcpath}/config.makefile
     63                        reinplace "s|@@64BIT@@|${is64bit}|g" ${worksrcpath}/config.makefile
     64                        file copy ${filespath}/arb_macsetup ${worksrcpath}/bin
     65                        reinplace "s|@@PREFIX@@|${prefix}|g" ${worksrcpath}/bin/arb_macsetup
     66                        reinplace "s|@@PREFIX@@|${prefix}|g" ${worksrcpath}/SH/arb
     67                        reinplace "s|@@GPP@@|${configure.cxx}|g" ${worksrcpath}/PERL2ARB/DARWIN.PL
     68                        reinplace "s|@@LIBPERLDIR@@|[exec ${prefix}/bin/perl -e "use Config; print \$Config{archlib};"]/CORE|g" ${worksrcpath}/PERL2ARB/DARWIN.PL
    5769                        reinplace -locale C "s| sed | gsed |g" ${worksrcpath}/GDEHELP/MENUS/align.menu \
    5870                                                     ${worksrcpath}/util/arb_check_build_env.pl \
    5971                                                     ${worksrcpath}/arb_install.sh \
    6072                                                     ${worksrcpath}/WINDOW/AW_status.cxx \
    6173                                                     ${worksrcpath}/SH/example_batch_probe_match.sh \
    62                                                      ${worksrcpath}/GDEHELP/GDEmenus \
    6374                                                     ${worksrcpath}/GDEHELP/genhelp.sh \
    6475                                                     ${worksrcpath}/GDEHELP/genhelptree.sh \
    6576                                                     ${worksrcpath}/SOURCE_TOOLS/make_java_dependencies.sh \
    … …  
    6778                                                     ${worksrcpath}/AISC_COM/AISC/Makefile \
    6879                                                     ${worksrcpath}/GDEHELP/Makefile \
    6980                                                     ${worksrcpath}/HELP_SOURCE/genhelp/Makefile \
    70                                                      ${worksrcpath}/GDEHELP/Makefile.helpfiles
    71                         file copy ${worksrcpath}/config.makefile.template ${worksrcpath}/config.makefile
    72                         file copy ${filespath}/arb_macsetup ${worksrcpath}/bin
    73                         reinplace "s|@@LIBPERLDIR@@|[exec ${prefix}/bin/perl -e "use Config; print \$Config{archlib};"]/CORE|g" ${worksrcpath}/PERL2ARB/DARWIN.PL
    74                         reinplace "s|@@PREFIX@@|${prefix}|g" ${worksrcpath}/bin/arb_macsetup
    75 
    76                         if {${build_arch} == "ppc" || ${build_arch} == "i386"} {
    77                             set is64bit 0
    78                         } else {
    79                             set is64bit 1
    80                         }
    81                         reinplace "s|@@64BIT@@|${is64bit}|g" ${worksrcpath}/config.makefile
     81                                                     ${worksrcpath}/GDEHELP/Makefile.helpfiles \
    8282}
    8383
    8484build.env-append        PREFIX=${prefix} \
    8585                        ARBHOME=${worksrcpath} \
    86                         PATH=${worksrcpath}/bin:$env(PATH)
     86                        PATH=${worksrcpath}/bin:${prefix}/libexec/gnubin:$env(PATH)
    8787
    88 # https://trac.macports.org/ticket/33756
    89 if {${configure.compiler} == "clang"} {
    90     configure.compiler llvm-gcc-4.2
    91 }
     88                        # https://trac.macports.org/ticket/33756
     89                        if {${configure.compiler} == "clang"} {
     90                             configure.compiler llvm-gcc-4.2
     91                        }
    9292
    9393build.args              GCC=${configure.cc} \
    9494                        GPP=${configure.cxx}
    95 
     95                                               
    9696destroot.keepdirs       ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/pts
     97
    9798destroot                {
    9899                        # Give the default settings a recognizable name ending in .default
    99100                        file rename ${worksrcpath}/lib/arb_tcp.dat ${worksrcpath}/lib/arb_tcp.dat.default
    100101                        file rename ${worksrcpath}/lib/macros ${worksrcpath}/lib/macros.default
    101102
    102103                        eval xinstall -m 0755 [glob ${worksrcpath}/bin/*] ${destroot}${prefix}/bin
     104
    103105                        file mkdir ${destroot}${prefix}/share/arb/bin
    104                         file copy ${worksrcpath}/lib ${destroot}${prefix}/share/arb/lib
    105                         file copy ${worksrcpath}/GDEHELP ${destroot}${prefix}/share/arb/GDEHELP
    106                         file mkdir ${destroot}${prefix}/lib/help
    107                         file copy ${worksrcpath}/HELP_SOURCE/oldhelp ${destroot}${prefix}/lib/help
    108106                        file copy ${worksrcpath}/PERL_SCRIPTS ${destroot}${prefix}/share/arb/PERL_SCRIPTS
     107                        file copy ${worksrcpath}/GDEHELP ${destroot}${prefix}/share/arb/GDEHELP
     108                        file copy ${worksrcpath}/lib ${destroot}${prefix}/share/arb/lib
    109109                        file copy ${worksrcpath}/SH ${destroot}${prefix}/share/arb/SH
    110110                        file copy ${worksrcpath}/demo.arb ${destroot}${prefix}/share/arb
     111
     112                        file mkdir ${destroot}${prefix}/lib/help
     113                        file copy ${worksrcpath}/HELP_SOURCE/oldhelp ${destroot}${prefix}/lib/help
     114
    111115                        ln -s ${prefix}/bin/arb_pt_server ${destroot}${prefix}/share/arb/bin/arb_pt_server
    112116                        ln -s ${prefix}/bin/arb_name_server ${destroot}${prefix}/share/arb/bin/arb_name_server
     117
    113118                        xinstall -m 777 -d ${destroot}${prefix}/share/arb/lib/pts
     119
    114120}
    115121
    116122# to be investigated later
    … …  
    162168
    163169      enter the following command:
    164170      source ~/.cshrc
    165 3)
    166 create a text file in your home folder called .xmodmap that contains the text below:
     171
     172C) to set up ARB for another user on this computer log into their account and type ${prefix}/bin/arb_macsetup
     173
     174************************************************************************************************************************************
     175You can set up keyboard shortcuts manually by creating a text file in your home folder called .xmodmap that contains the text below:
     176************************************************************************************************************************************
    167177
    168178clear Mod1
    169179clear Mod2
    … …  
    173183add Mod1 = Meta_L Meta_R
    174184add Mod2 = Mode_switch
    175185
    176 C)
    177 to set up ARB for another user on this computer log into their account and type ${prefix}/bin/arb_macsetup
    178 
    179 D)
    180 type arb to start ARB
     186*******************************************************************
     187Use keys Control+Command Arrow Key to jump over bases
     188Use Keys Option Arrow Key to pull in bases across alignment gaps
     189Use the right Command Key plus a letter key to activate a menu item
     190*******************************************************************
    181191
    182 ***********************************************************
     192*****************************
     193Type 'arb' to start using ARB
     194*****************************
    183195
    184196A demo data base is located at ${prefix}/share/arb/demo.arb
    185197
    … …  
    195207${prefix}/share/arb/lib/macros.default/
    196208${prefix}/share/arb/lib/arb_tcp.dat.default
    197209
    198 Use keys Control+Command Arrow Key to jump over bases
    199 Use Keys Option Arrow Key to pull in bases across alignment gaps
    200 Use the right Command Key plus a letter key to activate a menu item
    201 
    202210These notes can be viewed at any time by typing 'port notes arb'
    203211
    204212Please cite: Wolfgang Ludwig, et al. (2004) ARB: a software environment for sequence data. Nucleic Acids Research. 32:1363-1371