Ticket #38516: pymol-1.6.0.diff

File pymol-1.6.0.diff, 48.7 KB (added by mojca (Mojca Miklavec), 11 years ago)

slightly revised unified diff for pymol 1.6.0 based on maintainer's patches

  • Portfile

     
    22# $Id$
    33
    44PortSystem          1.0
    5 PortGroup           python26 1.0
     5PortGroup           python 1.0
    66PortGroup           active_variants 1.1
    77
    88name                pymol
    9 version             1.5
    10 revision            8
     9version             1.6.0
    1110categories          science chemistry
     11license             GPL
    1212maintainers         bromo.med.uc.edu:howarth
    1313description         Molecular graphics system
    1414long_description    PyMOL is a molecular graphics system with an embedded Python interpreter \
    … …  
    2121
    2222master_sites        sourceforge
    2323fetch.type          svn
    24 svn.url             https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol
    25 svn.revision        4013
     24svn.url             https://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
     25svn.revision        4039
    2626worksrcdir          pymol
    2727
    28 depends_lib         port:freetype port:libpng port:python26 port:py26-pmw port:py26-numpy port:py26-scipy port:mesa port:glew port:py26-tkinter port:freeglut
     28python.default_version 27
     29
     30depends_lib-append  port:freeglut \
     31                    port:freetype \
     32                    port:glew \
     33                    port:libpng \
     34                    port:mesa \
     35                    port:py${python.version}-numpy \
     36                    port:py${python.version}-pmw \
     37                    port:py${python.version}-scipy \
     38                    port:py${python.version}-tkinter
    2939depends_run         port:xdpyinfo
    3040
    31 # py27-scipy is not universal
     41# py-scipy is not universal
    3242universal_variant   no
    3343
    34 patchfiles          setup_py.diff pymol_shell.diff pmg_tk_platform.patch apbs-psize.patch
     44patchfiles          setup_py.diff \
     45                    pymol_shell.diff \
     46                    pmg_tk_platform.patch \
     47                    apbs-psize.patch \
     48                    apbs_tkinter.patch \
     49                    pymol-clang.diff
    3550
    3651require_active_variants tcl "" corefoundation
    3752require_active_variants tk "" quartz
    … …  
    4459
    4560use_parallel_build yes
    4661
    47 variant gcc43 description conflicts gcc44 gcc45 gcc46 gcc47 description {build using macports-gcc-4.3} {
    48     python.add_archflags   no
    49     configure.compiler  macports-gcc-4.3
     62variant gcc43 description conflicts gcc44 gcc45 gcc46 gcc47 gcc48 gcc49 description {build using macports-gcc-4.3} {
     63    python.add_archflags    no
     64    configure.compiler      macports-gcc-4.3
    5065}
    5166
    52 variant gcc44 description conflicts gcc43 gcc45 gcc46 gcc47 description {build using macports-gcc-4.4} {
    53     python.add_archflags   no
    54     configure.compiler  macports-gcc-4.4
     67variant gcc44 description conflicts gcc43 gcc45 gcc46 gcc47 gcc48 gcc49 description {build using macports-gcc-4.4} {
     68    python.add_archflags    no
     69    configure.compiler      macports-gcc-4.4
    5570}
    5671
    57 variant gcc45 description conflicts gcc43 gcc44 gcc46 gcc47 description {build using macports-gcc-4.5} {
    58     python.add_archflags   no
    59     configure.compiler  macports-gcc-4.5
     72variant gcc45 description conflicts gcc43 gcc44 gcc46 gcc47 gcc48 gcc49 description {build using macports-gcc-4.5} {
     73    python.add_archflags    no
     74    configure.compiler      macports-gcc-4.5
    6075}
    6176
    62 variant gcc46 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc47 description {build using macports-gcc-4.6} {
    63     python.add_archflags   no
    64     configure.compiler  macports-gcc-4.6
     77variant gcc46 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc47 gcc48 gcc49 description {build using macports-gcc-4.6} {
     78    python.add_archflags    no
     79    configure.compiler      macports-gcc-4.6
    6580}
    6681
    67 variant gcc47 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc46 description {build using macports-gcc-4.7} {
    68     python.add_archflags   no
    69     configure.compiler  macports-gcc-4.7
     82variant gcc47 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc46 gcc48 gcc49 description {build using macports-gcc-4.7} {
     83    python.add_archflags    no
     84    configure.compiler      macports-gcc-4.7
    7085}
    7186
    72 build {
     87variant gcc48 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc46 gcc47 gcc49 description {build using macports-gcc-4.8} {
     88    python.add_archflags    no
     89    configure.compiler      macports-gcc-4.8
    7390}
    7491
     92variant gcc49 description conflicts gcc43 gcc44 gcc45 gcc46 gcc47 gcc48 description {build using macports-gcc-4.9} {
     93    python.add_archflags    no
     94    configure.compiler      macports-gcc-4.9
     95}
     96
     97build {}
     98
    7599pre-destroot {
    76         destroot.env CC="${configure.cc}" CXX="${configure.cxx}"
     100    destroot.env CC="${configure.cc}" CXX="${configure.cxx}"
    77101}
    78102
    79103post-destroot {
    80104     file copy ${worksrcpath}/setup/pymol_macports ${destroot}${prefix}/bin/pymol
    81105     file attributes ${destroot}${prefix}/bin/pymol -permissions a+x
    82      ln -s ${python.pkgd}/pymol ${destroot}${python.pkgd}/pymol/pymol_path
    83106     foreach d {data modules examples test scripts} {
    84107        copy ${worksrcpath}/${d} ${destroot}${python.pkgd}/pymol
    85108    }

  • files/apbs-psize.patch

     
    1 --- modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py.orig   2012-02-18 17:28:11.000000000 -0500
    2 +++ modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py        2012-02-18 17:38:31.000000000 -0500
    3 @@ -832,7 +832,7 @@
    4                                       label_pyclass = FileDialogButtonClassFactory.get(self.setPsizeLocation),
    5                                       validate = {'validator':quickFileValidation,},
    6                                       #value = '/usr/local/apbs-0.3.1/tools/manip/psize.py',
    7 -                                     value = get_default_location('psize.py'),
    8 +                                     value = get_default_location('apbs-psize.py'),
    9                                       label_text = 'APBS psize.py location:',
    10                                       )
    11          self.psize.pack(fill = 'x', padx = 20, pady = 10)
     1--- modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py.orig
     2+++ modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py
     3@@ -888,7 +888,7 @@
     4             pass
     5 
     6         if not psize_location:
     7-            psize_location = get_default_location('psize.py')
     8+            psize_location = get_default_location('apbs-psize.py')
     9         if not apbs_location:
     10             apbs_location = get_default_location('apbs.exe')
     11         if not apbs_location:

  • files/apbs_tkinter.patch

     
     1--- modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py.orig
     2+++ modules/pmg_tk/startup/apbs_tools.py
     3@@ -612,7 +612,8 @@
     4         # Set up the Main page
     5         page = self.notebook.add('Main')
     6         group = Pmw.Group(page,tag_text='Main options')
     7-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     8+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     9+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     10         self.selection = Pmw.EntryField(group.interior(),
     11                                         labelpos='w',
     12                                         label_text='Selection to use: ',
     13@@ -658,7 +659,8 @@
     14         page = self.notebook.add('Configuration')
     15 
     16         group = Pmw.Group(page,tag_text='Dielectric Constants')
     17-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     18+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     19+        group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     20         group.grid(column=0, row=0)
     21         self.interior_dielectric = Pmw.EntryField(group.interior(),labelpos='w',
     22                                    label_text = 'Protein Dielectric:',
     23@@ -677,7 +679,8 @@
     24             #entry.pack(side='left',fill='both',expand=1,padx=4) # side-by-side
     25             entry.pack(fill='x',expand=1,padx=4,pady=1) # vertical
     26         group = Pmw.Group(page,tag_text='Other')
     27-        group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
     28+        #group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
     29+        group.grid(padx=4, pady=5, sticky=(N, S, E, W))
     30         group.grid(column=1, row=1,columnspan=4)
     31         self.max_mem_allowed = Pmw.EntryField(group.interior(),labelpos='w',
     32                                               label_text = 'Maximum Memory Allowed (MB):',
     33@@ -735,7 +738,8 @@
     34 
     35 
     36         group = Pmw.Group(page,tag_text='Ions')
     37-        group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
     38+        #group.pack(fill='both',expand=1, padx=4, pady=5)
     39+        group.grid(padx=4, pady=5, sticky=(N, S, E, W))
     40         group.grid(column=0, row=1, )
     41         self.ion_plus_one_conc = Pmw.EntryField(group.interior(),
     42                                                 labelpos='w',
     43@@ -794,7 +798,8 @@
     44             entry.pack(fill='x',expand=1,padx=4)
     45 
     46         group = Pmw.Group(page,tag_text = 'Coarse Mesh Length')
     47-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     48+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     49+        group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     50         group.grid(column = 1, row = 0)
     51         for coord in 'x y z'.split():
     52             setattr(self,'grid_coarse_%s'%coord,Pmw.EntryField(group.interior(),
     53@@ -809,7 +814,8 @@
     54 
     55 
     56         group = Pmw.Group(page,tag_text = 'Fine Mesh Length')
     57-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     58+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     59+        group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     60         group.grid(column = 2, row = 0)
     61         for coord in 'x y z'.split():
     62             setattr(self,'grid_fine_%s'%coord,Pmw.EntryField(group.interior(),
     63@@ -824,7 +830,8 @@
     64 
     65 
     66         group = Pmw.Group(page,tag_text = 'Grid Center')
     67-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     68+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     69+        group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     70         group.grid(column = 3, row = 0)
     71         for coord in 'x y z'.split():
     72             setattr(self,'grid_center_%s'%coord,Pmw.EntryField(group.interior(),
     73@@ -838,7 +845,8 @@
     74             getattr(self,'grid_center_%s'%coord).pack(fill='x', expand=1, padx=4, pady=1)
     75 
     76         group = Pmw.Group(page,tag_text = 'Grid Points')
     77-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     78+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5)
     79+        group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     80         group.grid(column = 4, row = 0)
     81         for coord in 'x y z'.split():
     82             setattr(self,'grid_points_%s'%coord,Pmw.EntryField(group.interior(),
     83@@ -856,7 +864,8 @@
     84         page.grid_columnconfigure(5,weight=1)
     85         page = self.notebook.add('Program Locations')
     86         group = Pmw.Group(page,tag_text='Locations')
     87-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     88+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     89+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     90         def quickFileValidation(s):
     91             if s == '': return Pmw.PARTIAL
     92             elif os.path.isfile(s): return Pmw.OK
     93@@ -955,7 +964,8 @@
     94         
     95         page = self.notebook.add('Temp File Locations')
     96         group = Pmw.Group(page,tag_text='Locations')
     97-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     98+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     99+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     100         self.pymol_generated_pqr_filename = Pmw.EntryField(group.interior(),
     101                                                            labelpos = 'w',
     102                                                            label_pyclass = FileDialogButtonClassFactory.get(self.setPymolGeneratedPqrFilename),
     103@@ -1003,17 +1013,20 @@
     104         page = self.notebook.add('Visualization (1)')
     105         group = VisualizationGroup(page,tag_text='Visualization',visgroup_num=1)
     106         self.visualization_group_1 = group
     107-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     108+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     109+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     110 
     111         page = self.notebook.add('Visualization (2)')
     112         group = VisualizationGroup(page,tag_text='Visualization',visgroup_num=2)
     113         self.visualization_group_2 = group
     114-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     115+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     116+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     117 
     118         # Create a couple of other empty pages
     119         page = self.notebook.add('About')
     120         group = Pmw.Group(page, tag_text='About PyMOL APBS Tools')
     121-        group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     122+        #group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 10, pady = 5)
     123+        group.grid(padx = 10, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     124         text = """This plugin integrates PyMOL (http://PyMOL.org/) with APBS (http://www.poissonboltzmann.org/apbs/).
     125 
     126 Documentation may be found at
     127@@ -2267,7 +2280,8 @@
     128             self.update_buttonbox = Pmw.ButtonBox(self.mm_group.interior(), padx=0)
     129             self.update_buttonbox.pack(side=LEFT)
     130             self.update_buttonbox.add('Update',command=self.refresh)
     131-            self.mm_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=TOP)
     132+            #self.mm_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=TOP)
     133+            self.mm_group.grid(padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     134 
     135             self.ms_group = Pmw.Group(self.interior(),tag_text='Molecular Surface')
     136             self.ms_buttonbox = Pmw.ButtonBox(self.ms_group.interior(), padx=0)
     137@@ -2317,8 +2331,9 @@
     138                                             )
     139             bars = (self.mol_surf_low,self.mol_surf_middle,self.mol_surf_high)
     140             Pmw.alignlabels(bars)
     141-            for bar in bars: bar.pack(side=LEFT)
     142-            self.ms_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     143+            for bar in bars: bar.pack(expand = 1, side=LEFT)
     144+            #self.ms_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     145+            self.ms_group.grid(column=0, row=1, padx = 4, pady = 5, rowspan = 2, sticky=(N, S, E, W))
     146 
     147             self.fl_group = Pmw.Group(self.interior(),tag_text='Field Lines')
     148             self.fl_buttonbox = Pmw.ButtonBox(self.fl_group.interior(), padx=0)
     149@@ -2333,11 +2348,13 @@
     150                                   text = """Follows same coloring as surface.""",
     151                                   )
     152             label.pack()
     153-            self.fl_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=TOP)
     154+            #self.fl_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=TOP)
     155+            self.fl_group.grid(column = 1, row=0, padx = 4, pady = 5)
     156 
     157             self.pi_group = Pmw.Group(self.interior(),tag_text='Positive Isosurface')
     158             self.pi_buttonbox = Pmw.ButtonBox(self.pi_group.interior(), padx=0)
     159-            self.pi_buttonbox.pack()
     160+            #self.pi_buttonbox.pack()
     161+            self.pi_buttonbox.grid()
     162             self.pi_buttonbox.add('Show',command=self.showPosSurface)
     163             self.pi_buttonbox.add('Hide',command=self.hidePosSurface)
     164             self.pi_buttonbox.add('Update',command=self.updatePosSurface)
     165@@ -2351,12 +2368,15 @@
     166                                             datatype = 'real',
     167                                             entryfield_validate = {'validator' : 'real', 'min':0}
     168                                             )
     169-            self.pos_surf_val.pack(side=LEFT)
     170-            self.pi_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     171+            #self.pos_surf_val.pack(side=LEFT)
     172+            self.pos_surf_val.grid()
     173+            #self.pi_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     174+            self.pi_group.grid(column = 1, row = 1, padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     175 
     176             self.ni_group = Pmw.Group(self.interior(),tag_text='Negative Isosurface')
     177             self.ni_buttonbox = Pmw.ButtonBox(self.ni_group.interior(), padx=0)
     178-            self.ni_buttonbox.pack()
     179+            #self.ni_buttonbox.pack()
     180+            self.ni_buttonbox.grid()
     181             self.ni_buttonbox.add('Show',command=self.showNegSurface)
     182             self.ni_buttonbox.add('Hide',command=self.hideNegSurface)
     183             self.ni_buttonbox.add('Update',command=self.updateNegSurface)
     184@@ -2370,8 +2390,10 @@
     185                                             datatype = 'real',
     186                                             entryfield_validate = {'validator' : 'real', 'max':0}
     187                                             )
     188-            self.neg_surf_val.pack(side=LEFT)
     189-            self.ni_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     190+            #self.neg_surf_val.pack(side=LEFT)
     191+            self.neg_surf_val.grid()
     192+            #self.ni_group.pack(fill = 'both', expand = 1, padx = 4, pady = 5, side=LEFT)
     193+            self.ni_group.grid(column = 1, row=2, padx = 4, pady = 5, sticky=(N, S, E, W))
     194 
     195 
     196 

  • files/pmg_tk_platform.patch

     
    1 --- modules/pmg_tk/skins/normal/__init__.py.orig        2012-02-18 12:31:32.000000000 -0500
    2 +++ modules/pmg_tk/skins/normal/__init__.py     2012-02-18 12:32:53.000000000 -0500
    3 @@ -250,7 +250,7 @@
     1--- modules/pmg_tk/skins/normal/__init__.py.orig
     2+++ modules/pmg_tk/skins/normal/__init__.py
     3@@ -236,7 +236,7 @@
    44         self.buttonArea.destroy()
    55 
    66     def my_show(self,win,center=1):
    … …  
    99             win.show()
    1010         else: # autocenter, deiconify, and run mainloop
    1111             # this is a workaround for a bug in the
    12 @@ -269,13 +269,13 @@
     12@@ -255,13 +255,13 @@
    1313 #         win.show()
    1414             
    1515     def my_withdraw(self,win):
    … …  
    2525             win.activate()
    2626         else: # autocenter, deiconify, and run mainloop
    2727             # this is a workaround for a bug in the
    28 @@ -296,7 +296,7 @@
     28@@ -282,7 +282,7 @@
    2929             win.mainloop()
    3030             
    3131     def my_deactivate(self,win):
    … …  
    3434             win.deactivate()
    3535         else: # autocenter, deiconify, and run mainloop
    3636             win.destroy()
    37 --- modules/pmg_tk/PMGApp.py.orig       2012-02-18 12:35:29.000000000 -0500
    38 +++ modules/pmg_tk/PMGApp.py    2012-02-18 12:36:46.000000000 -0500
    39 @@ -219,7 +219,7 @@
     37--- modules/pmg_tk/PMGApp.py.orig
     38+++ modules/pmg_tk/PMGApp.py
     39@@ -184,7 +184,7 @@
     40         self.fifo.put(cmmd)
    4041 
    41  
    4242     def my_show(self,win,center=1):
    4343-        if sys.platform!='linux2':
    4444+        if (sys.platform!='linux2') and (sys.platform!='darwin'):
    … …  
    4545             win.show()
    4646         else: # autocenter, deiconify, and run mainloop
    4747             # this is a workaround for a bug in the
    48 @@ -237,7 +237,7 @@
     48@@ -202,7 +202,7 @@
    4949             win.deiconify()
    5050 
    5151     def my_withdraw(self,win):

  • files/pymol-clang.diff

     
     1Index: layer0/ShaderMgr.c
     2===================================================================
     3--- layer0/ShaderMgr.c  (revision 4039)
     4+++ layer0/ShaderMgr.c  (working copy)
     5@@ -150,7 +150,7 @@ void CShaderPrg_ReplaceStringsInPlace(Py
     6     while (replaceStrings[i]){
     7       slen = strlen(replaceStrings[i]);
     8       rlen = strlen(replaceStrings[i+1]);
     9-      while(rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i])){
     10+      while((rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i]))){
     11        strcpy(tmp_line, rstr + slen);
     12        strcpy(rstr, replaceStrings[i+1]);
     13        strcpy(rstr+rlen, tmp_line);
     14@@ -488,15 +488,15 @@ void CShaderPrg_BindAttribLocations(PyMO
     15   if (I){
     16     GLenum err ;
     17     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
     18-    if (err = glGetError()){
     19+    if ((err = glGetError())){
     20       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
     21     }
     22     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_NORMAL, "a_Normal");
     23-    if (err = glGetError()){
     24+    if ((err = glGetError())){
     25       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Normal: %d\n", err ENDFB(G);
     26     }
     27     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
     28-    if (err = glGetError()){
     29+    if ((err = glGetError())){
     30       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
     31     }
     32     CShaderPrg_Link(I);
     33@@ -510,19 +510,19 @@ void CShaderPrg_BindCylinderAttribLocati
     34   if (I){
     35     GLenum err ;
     36     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_ORIGIN, "attr_origin");
     37-    if (err = glGetError()){
     38+    if ((err = glGetError())){
     39       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_origin: %d\n", err ENDFB(G);
     40     }
     41     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_AXIS, "attr_axis");
     42-    if (err = glGetError()){
     43+    if ((err = glGetError())){
     44       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_axis: %d\n", err ENDFB(G);
     45     }
     46     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR, "attr_color");
     47-    if (err = glGetError()){
     48+    if ((err = glGetError())){
     49       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color: %d\n", err ENDFB(G);
     50     }
     51     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR2, "attr_color2");
     52-    if (err = glGetError()){
     53+    if ((err = glGetError())){
     54       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color2: %d\n", err ENDFB(G);
     55     }
     56     CShaderPrg_Link(I);         
     57@@ -842,11 +842,11 @@ void ShaderMgrConfig(PyMOLGlobals * G) {
     58     if (indicatorShader){
     59       GLenum err ;
     60       glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
     61-      if (err = glGetError()){
     62+      if ((err = glGetError())){
     63        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
     64       }
     65       glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
     66-      if (err = glGetError()){
     67+      if ((err = glGetError())){
     68        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
     69       }
     70       CShaderPrg_Link(indicatorShader);       
     71Index: layer0/Tetsurf.c
     72===================================================================
     73--- layer0/Tetsurf.c    (revision 4039)
     74+++ layer0/Tetsurf.c    (working copy)
     75@@ -679,8 +679,7 @@ static void TetsurfPurge(CTetsurf * II)
     76   if(I->Tri) {
     77     VLAFreeP(I->Tri);
     78   }
     79-  if(I->PtLink);
     80-  {
     81+  if(I->PtLink) {
     82     VLAFreeP(I->PtLink);
     83   }
     84   if(I->VertexCodes) {
     85Index: layer0/Map.c
     86===================================================================
     87--- layer0/Map.c        (revision 4039)
     88+++ layer0/Map.c        (working copy)
     89@@ -588,7 +588,7 @@ int MapSetupExpress(MapType * I)
     90   register int *link = I->Link;
     91   register int st, flag;
     92   register int *i_ptr3, *i_ptr4, *i_ptr5;
     93-  register int *e_list;
     94+  register int *e_list = NULL;
     95 #ifdef _MemoryCache_ON
     96   register int block_offset = I->block_base + cCache_map_elist_offset;
     97   register int group_id = I->group_id;
     98Index: layer1/Basis.c
     99===================================================================
     100--- layer1/Basis.c      (revision 4039)
     101+++ layer1/Basis.c      (working copy)
     102@@ -2868,11 +2868,11 @@ int BasisMakeMap(CBasis * I, int *vert2p
     103   float ll;
     104   CPrimitive *prm;
     105   register int i;
     106-  register int *tempRef;
     107-  int n, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
     108+  register int *tempRef = NULL;
     109+  int n = 0, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
     110   int extra_vert = 0;
     111   float p[3], dd[3], *d1, *d2, vd[3], cx[3], cy[3];
     112-  float *tempVertex;
     113+  float *tempVertex = NULL;
     114   float xs, ys;
     115   int remapMode = true;         /* remap mode means that some objects will span more
     116                                  * than one voxel, so we have to worry about populating
     117Index: layer1/CGO.c
     118===================================================================
     119--- layer1/CGO.c        (revision 4039)
     120+++ layer1/CGO.c        (working copy)
     121@@ -47,7 +47,7 @@ Z* -------------------------------------
     122 #define CLIP_NORMAL_VALUE(cv)  ((cv>1.f) ? 127 :  (cv < -1.f) ? -128 : pymol_roundf(((cv + 1.f)/2.f) * 255) - 128 )
     123 
     124 #define CHECK_GL_ERROR_OK(printstr)    \
     125-  if (err = glGetError()){    \
     126+  if ((err = glGetError())){    \
     127      PRINTFB(I->G, FB_CGO, FB_Errors) printstr, err ENDFB(I->G);          \
     128   }
     129 
     130@@ -2279,7 +2279,7 @@ void CGOCountNumVerticesForScreen(CGO *I
     131   *num_total_vertices = 0;
     132   *num_total_indexes = 0;
     133 
     134-  while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
     135+  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
     136     save_pc = pc;
     137     err = 0;
     138     switch (op) {
     139@@ -4339,7 +4339,7 @@ CGO *CGOOptimizeGLSLCylindersToVBOIndexe
     140     GL_C_INT_TYPE *indexVals = 0;
     141     int tot = 4 * 4 * 3 * num_total_cylinders;
     142     short copyToLeftOver, copyColorToLeftOver, copyPickColorToLeftOver, copyAlphaToLeftOver, copyToReturnCGO ;
     143-    float *org_originVals;
     144+    float *org_originVals= NULL;
     145     float *org_axisVals;
     146     float *org_colorVals;
     147     float *org_color2Vals = NULL;
     148@@ -7101,7 +7101,7 @@ static void CGO_gl_draw_label(CCGORender
     149   int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
     150   float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
     151   CShaderPrg * shaderPrg;
     152-  int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     153+  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     154   copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
     155   copy3f(*pc+3, screenMin);
     156   copy3f(*pc+6, screenMax);
     157@@ -7142,7 +7142,7 @@ static void CGO_gl_draw_texture(CCGORend
     158   int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
     159   float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
     160   CShaderPrg * shaderPrg;
     161-  int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     162+  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     163   copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
     164   copy3f(*pc+3, screenMin);
     165   copy3f(*pc+6, screenMax);
     166@@ -9528,7 +9528,7 @@ int CGOCountNumberCustomCylinders(CGO *I
     167 int CGOChangeShadersTo(CGO *I, int frommode, int tomode){
     168   register float *pc = I->op;
     169   int op = 0, totops = 0;
     170-  while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
     171+  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
     172     totops++;
     173     switch (op) {
     174     case CGO_ENABLE:
     175Index: layer1/Ortho.c
     176===================================================================
     177--- layer1/Ortho.c      (revision 4039)
     178+++ layer1/Ortho.c      (working copy)
     179@@ -1014,7 +1014,7 @@ void OrthoKey(PyMOLGlobals * G, unsigned
     180         curLine = I->CurLine & OrthoSaveLines;
     181         if(I->PromptChar) {
     182           strcpy(buffer, I->Line[curLine]);
     183-          if(PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar));      /* just print, don't complete */
     184+          PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar);      /* just print, don't complete */
     185         }
     186       }
     187       break;
     188@@ -1394,7 +1394,7 @@ void bg_grad(PyMOLGlobals * G) {
     189 
     190   {
     191     if (!I->bgCGO) {
     192-      CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2;
     193+      CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2 = NULL;
     194       ok &= CGOBegin(cgo, GL_TRIANGLE_STRIP);
     195       if (ok)
     196        ok &= CGOVertex(cgo, -1.f, -1.f, 0.98f);
     197Index: layer1/P.c
     198===================================================================
     199--- layer1/P.c  (revision 4039)
     200+++ layer1/P.c  (working copy)
     201@@ -2613,7 +2613,7 @@ int PFlush(PyMOLGlobals * G)
     202       /* don't run if we're currently banned */
     203       char *buffer = 0;
     204       int size, curSize = 0;
     205-      while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
     206+      while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
     207        if (!curSize){
     208          buffer = VLACalloc(char, size);
     209          curSize = size;
     210@@ -2657,7 +2657,7 @@ int PFlushFast(PyMOLGlobals * G)
     211   int did_work = false;
     212   char *buffer = 0;
     213   int size, curSize = 0;
     214-  while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
     215+  while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
     216     if (!curSize){
     217       buffer = VLACalloc(char, size);
     218       curSize = size;
     219Index: layer1/Extrude.c
     220===================================================================
     221--- layer1/Extrude.c    (revision 4039)
     222+++ layer1/Extrude.c    (working copy)
     223@@ -753,7 +753,7 @@ int ExtrudeCGOSurfaceTube(CExtrude * I,
     224   float *v;
     225   float *n;
     226   float *c;
     227-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     228+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
     229   float v0[3];
     230   int start, stop;
     231   int ok = true;
     232@@ -1683,7 +1683,7 @@ int ExtrudeCGOSurfacePolygon(CExtrude *
     233   float *v;
     234   float *n;
     235   float *c;
     236-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     237+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
     238   float v0[3];
     239   int ok = true;
     240 
     241@@ -1737,7 +1737,7 @@ int ExtrudeCGOSurfacePolygon(CExtrude *
     242     for(b = 0; ok && b < I->Ns; b += 2) {
     243 #ifdef _PYMOL_CGO_DRAWARRAYS
     244       int nverts = 2*I->N, pl = 0, plc = 0, damode = CGO_VERTEX_ARRAY | CGO_NORMAL_ARRAY | CGO_PICK_COLOR_ARRAY, nxtn = 3;
     245-      float *vertexVals, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     246+      float *vertexVals = NULL, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     247       float *pickColorVals;
     248       GLenum mode = GL_LINE_STRIP;
     249       if(SettingGetGlobal_i(I->G, cSetting_cartoon_debug) < 1.5)
     250@@ -2048,7 +2048,7 @@ int ExtrudeCGOSurfacePolygonTaper(CExtru
     251       i = I->i;
     252       if (ok){
     253        int nverts = 2*I->N, pl = 0, plc = 0, damode = CGO_VERTEX_ARRAY | CGO_NORMAL_ARRAY | CGO_PICK_COLOR_ARRAY, nxtn = 3;
     254-       float *vertexVals, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     255+       float *vertexVals = NULL, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     256        float *pickColorVals;
     257        if (color_override)
     258          ok &= CGOColorv(cgo, color_override);
     259@@ -2156,7 +2156,7 @@ int ExtrudeCGOSurfaceStrand(CExtrude * I
     260   float *v;
     261   float *n;
     262   float *c;
     263-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     264+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
     265   float v0[3], n0[3], s0[3], z[3] = { 1.0, 0.0, 1.0 };
     266   int subN;
     267   int ok = true;
     268Index: layer1/Scene.c
     269===================================================================
     270--- layer1/Scene.c      (revision 4039)
     271+++ layer1/Scene.c      (working copy)
     272@@ -7640,7 +7640,7 @@ void SceneUpdate(PyMOLGlobals * G, int f
     273       /* update all gadgets first (single-threaded since they're thread-unsafe) */
     274       rec = NULL;
     275       while(ListIterate(I->Obj, rec, next)) {
     276-        if((rec->obj->type == cObjectGadget)) {
     277+        if(rec->obj->type == cObjectGadget) {
     278           if(rec->obj->fUpdate)
     279             rec->obj->fUpdate(rec->obj);
     280         }
     281Index: layer1/Control.c
     282===================================================================
     283--- layer1/Control.c    (revision 4039)
     284+++ layer1/Control.c    (working copy)
     285@@ -637,7 +637,7 @@ static void ControlDraw(Block * block OR
     286       but_bottom = y - (cControlBoxSize - 1);
     287       but_height = cControlBoxSize;
     288 
     289-      if((but_num == I->Active)) {
     290+      if(but_num == I->Active) {
     291         draw_button(but_left, but_bottom,
     292                     but_width, but_height, lightEdge, darkEdge, pushed ORTHOCGOARGVAR);
     293       } else if(((but_num == 6) && (SettingGetGlobal_b(G, cSetting_seq_view))) ||
     294Index: layer2/RepCylBond.c
     295===================================================================
     296--- layer2/RepCylBond.c (revision 4039)
     297+++ layer2/RepCylBond.c (working copy)
     298@@ -1998,7 +1998,7 @@ Rep *RepCylBondNew(CoordSet * cs, int st
     299             I->NSPC++;
     300           }
     301 
     302-         if(s2 && (!marked[b2]) && (!stick_ball_filter_single_atoms || (ord==1 || adjacent_atoms[a2] && adjacent_atoms[a2][0] > 1))) {
     303+         if(s2 && (!marked[b2]) && (!stick_ball_filter_single_atoms || (ord==1 || (adjacent_atoms[a2] && adjacent_atoms[a2][0] > 1)))) {
     304              /* just once for each atom..., if stick_ball_filter is on, then only for atoms that have more than one adjacent atom */
     305             float vdw =
     306               stick_ball_ratio * ((ati2->protons == cAN_H) ? bd_radius : bd_radius_full);
     307Index: layer2/RepSphere.c
     308===================================================================
     309--- layer2/RepSphere.c  (revision 4039)
     310+++ layer2/RepSphere.c  (working copy)
     311@@ -1991,8 +1991,8 @@ static void RepSphereRender(RepSphere *
     312   int a;
     313   SphereRec *sp = I->SP;
     314   float alpha;
     315-  int n_quad_verts;
     316-  float radius;
     317+  int n_quad_verts = 0;
     318+  float radius = 0.0;
     319   int ok = true;
     320   short use_shader = SettingGetGlobal_b(G, cSetting_sphere_use_shader) &
     321                      SettingGetGlobal_b(G, cSetting_use_shaders);
     322Index: layer2/ObjectMolecule2.c
     323===================================================================
     324--- layer2/ObjectMolecule2.c    (revision 4039)
     325+++ layer2/ObjectMolecule2.c    (working copy)
     326@@ -3678,7 +3678,7 @@ int ObjectMoleculeNewFromPyList(PyMOLGlo
     327 #else
     328   int ok = true;
     329   ObjectMolecule *I = NULL;
     330-  int discrete_flag;
     331+  int discrete_flag = 0;
     332   int ll;
     333   (*result) = NULL;
     334 
     335@@ -4305,7 +4305,7 @@ int ObjectMoleculeSort(ObjectMolecule *
     336   register int a, b;
     337   CoordSet *cs, **dcs;
     338   AtomInfoType *atInfo;
     339-  int *dAtmToIdx;
     340+  int *dAtmToIdx = NULL;
     341   int ok = true;
     342   if(!I->DiscreteFlag) {        /* currently, discrete objects are never sorted */
     343     int n_bytes = sizeof(int) * I->NAtom;
     344Index: layer2/RepDot.c
     345===================================================================
     346--- layer2/RepDot.c     (revision 4039)
     347+++ layer2/RepDot.c     (working copy)
     348@@ -192,7 +192,7 @@ static void RepDotRender(RepDot * I, Ren
     349              ok &= CGOColorv(cgo, v);
     350              v += 3;
     351            }
     352-           /*      if(normals)  /* NORMALS do not get set for points
     353+           /*      if(normals)  NORMALS do not get set for points
     354                    CGONormalv(cgo, v);*/
     355            v += 3;
     356            if (ok)
     357@@ -210,7 +210,7 @@ static void RepDotRender(RepDot * I, Ren
     358            I->shaderCGO = CGOOptimizeSpheresToVBONonIndexed(cgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + CGO_DRAW_SPHERE_BUFFERS_SZ);
     359            CHECKOK(ok, I->shaderCGO);
     360          } else {
     361-           CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO;
     362+           CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO = NULL;
     363            CHECKOK(ok, convertcgo);
     364            if (ok)
     365              tmpCGO = CGOOptimizeToVBONotIndexed(convertcgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + I->N * 3 + 7);
     366@@ -344,7 +344,7 @@ Rep *RepDotDoNew(CoordSet * cs, int mode
     367   float *countPtr = NULL;
     368   int colorCnt, lastColor;
     369   Vector3f v1;
     370-  MapType *map;
     371+  MapType *map = NULL;
     372   SphereRec *sp = G->Sphere->Sphere[0];
     373   int ds;
     374   float max_vdw = MAX_VDW;
     375Index: layer2/RepSurface.c
     376===================================================================
     377--- layer2/RepSurface.c (revision 4039)
     378+++ layer2/RepSurface.c (working copy)
     379@@ -3304,7 +3304,7 @@ static void RepSurfaceRender(RepSurface
     380            if (ok)
     381              convertcgo->use_shader = true;
     382          } else if (I->Type == 2) {
     383-           CGO *convertcgo2, *simple;
     384+           CGO *convertcgo2, *simple = NULL;
     385            convertcgo2 = CGOConvertLinesToShaderCylinders(I->shaderCGO, 0);
     386            CHECKOK(ok, convertcgo2);
     387            if (ok)
     388@@ -4503,7 +4503,7 @@ static int SurfaceJobRun(PyMOLGlobals *
     389         }
     390        ok &= !G->Interrupt;
     391         if(ok) {
     392-          MapType *map, *solv_map;
     393+          MapType *map, *solv_map = NULL;
     394           map = MapNewFlagged(G, I->maxVdw + probe_rad_more,
     395                               I->coord, VLAGetSize(I->coord) / 3, NULL, NULL);
     396          CHECKOK(ok, map);
     397@@ -5747,7 +5747,7 @@ static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl
     398                 SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
     399                 if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
     400                   if((!present) || present[j]) {
     401-                    if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
     402+                    if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
     403                       float *v1 = coord + 3 * j;
     404                       if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
     405                         skip_flag = true;
     406@@ -5842,7 +5842,7 @@ static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl
     407                   SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
     408                   if(j > a)     /* only check if this is atom trails */
     409                     if((!present) || present[j]) {
     410-                      if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {      /* handle singularities */
     411+                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {      /* handle singularities */
     412                         float *v2 = coord + 3 * j;
     413                         if((v0[0] == v2[0]) && (v0[1] == v2[1]) && (v0[2] == v2[2]))
     414                           skip_flag = true;
     415@@ -6002,7 +6002,7 @@ static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl
     416                   SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
     417                   if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
     418                     if((!present) || present[j]) {
     419-                      if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
     420+                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
     421                         float *v1 = coord + 3 * j;
     422                         if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
     423                           skip_flag = true;
     424Index: layer2/RepCartoon.c
     425===================================================================
     426--- layer2/RepCartoon.c (revision 4039)
     427+++ layer2/RepCartoon.c (working copy)
     428@@ -2615,7 +2615,7 @@ CGO *GenerateRepCartoonCGO(CoordSet *cs,
     429 
     430 #ifdef _PYMOL_CGO_DRAWARRAYS
     431        int nverts = nAt * 4, pl = 0;
     432-       float *vertexVals, *tmp_ptr;
     433+       float *vertexVals = NULL, *tmp_ptr;
     434        if (ok)
     435          vertexVals = CGODrawArrays(cgo, GL_LINES, CGO_VERTEX_ARRAY, nverts);     
     436        CHECKOK(ok, vertexVals);
     437Index: layer2/ObjectMolecule.c
     438===================================================================
     439--- layer2/ObjectMolecule.c     (revision 4039)
     440+++ layer2/ObjectMolecule.c     (working copy)
     441@@ -1448,7 +1448,7 @@ CoordSet *ObjectMoleculeTOPStr2CoordSet(
     442   int NPHIH, MPHIA, NHPARM, NPARM, NNB, NRES;
     443   int NBONA, NTHETA, NPHIA, NUMBND, NUMANG, NPTRA;
     444   int NATYP, NPHB, IFPERT, NBPER, NGPER, NDPER;
     445-  int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX, NMXRS, IFCAP;
     446+  int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX = 0, NMXRS, IFCAP;
     447   int NEXTRA, IPOL = 0;
     448   int wid, col;
     449   float BETA;
     450@@ -2076,7 +2076,7 @@ CoordSet *ObjectMoleculeTOPStr2CoordSet(
     451 
     452     if(IFBOX > 0) {
     453 
     454-      int IPTRES, NSPM, NSPSOL;
     455+      int IPTRES, NSPM = 0, NSPSOL;
     456 
     457       if(amber7) {
     458         p = findflag(G, buffer, "SOLVENT_POINTERS", "3I8");
     459@@ -4431,7 +4431,7 @@ int ObjectMoleculeAttach(ObjectMolecule
     460   AtomInfoType *ai;
     461   int n, nn;
     462   float v[3], v0[3], d;
     463-  CoordSet *cs;
     464+  CoordSet *cs = NULL;
     465   int ok = true;
     466 
     467   ok &= ObjectMoleculeUpdateNeighbors(I);
     468@@ -9755,7 +9755,7 @@ int ObjectMoleculeMerge(ObjectMolecule *
     469                        CoordSet * cs, int bondSearchFlag, int aic_mask, int invalidate)
     470 {
     471   PyMOLGlobals *G = I->Obj.G;
     472-  int *index, *outdex, *a2i, *i2a;
     473+  int *index, *outdex, *a2i, *i2a = NULL;
     474   BondType *bond = NULL;
     475   register int a, b, lb = 0, ac;
     476   int c, nb, a1, a2;
     477@@ -10539,7 +10539,7 @@ void ObjectMoleculeSeleOp(ObjectMolecule
     478                 rms = MatrixFitRMSTTTf(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL, op->ttt);
     479               else
     480                 rms = MatrixGetRMS(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL);
     481-              if((op->i1 == 2)) {
     482+              if(op->i1 == 2) {
     483                 ObjectMoleculeTransformTTTf(I, op->ttt, b);
     484 
     485                 if(op->i3) {
     486Index: layer3/Selector.c
     487===================================================================
     488--- layer3/Selector.c   (revision 4039)
     489+++ layer3/Selector.c   (working copy)
     490@@ -8615,11 +8615,11 @@ static int SelectorSelect0(PyMOLGlobals
     491     for(a = cNDummyAtoms; a < I->NAtom; a++) {
     492       b = i_obj[i_table[a].model]->AtomInfo[i_table[a].atom].protons;
     493       base[0].sele[a] = (
     494-          b >  2 && b <  5 ||
     495-          b > 10 && b < 14 ||
     496-          b > 18 && b < 32 ||
     497-          b > 36 && b < 51 ||
     498-          b > 54 && b < 85 ||
     499+          (b >  2 && b <  5) ||
     500+          (b > 10 && b < 14) ||
     501+          (b > 18 && b < 32) ||
     502+          (b > 36 && b < 51) ||
     503+          (b > 54 && b < 85) ||
     504           b > 86);
     505     }
     506     break;
     507Index: layer3/Executive.c
     508===================================================================
     509--- layer3/Executive.c  (revision 4039)
     510+++ layer3/Executive.c  (working copy)
     511@@ -15915,7 +15915,7 @@ static int ExecutiveDrag(Block * block,
     512                           ExecutiveSpecSetVisibility(G, rec, true, mod, false);
     513                           I->LastChanged = rec;
     514                         }
     515-                        if((mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL))) {
     516+                        if(mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL)) {
     517                           if(rec != I->LastZoomed)
     518                             ExecutiveWindowZoom(G, rec->name, 0.0F, -1, false, -1.0F,
     519                                                 true);
     520Index: layer3/PlugIOManager.c
     521===================================================================
     522--- layer3/PlugIOManager.c      (revision 4039)
     523+++ layer3/PlugIOManager.c      (working copy)
     524@@ -225,7 +225,7 @@ int PlugIOManagerLoadTraj(PyMOLGlobals *
     525                       ENDFB(G);
     526                   }
     527 
     528-                  if(stop > 0 && cnt >= stop || max > 0 && ncnt >= max) {
     529+                  if((stop > 0 && cnt >= stop) || (max > 0 && ncnt >= max)) {
     530                     cs = NULL;
     531                     break;
     532                   }
     533Index: layer4/Cmd.c
     534===================================================================
     535--- layer4/Cmd.c        (revision 4039)
     536+++ layer4/Cmd.c        (working copy)
     537@@ -1846,7 +1846,7 @@ static PyObject *CmdMapHalve(PyObject *
     538 static PyObject *CmdGetRenderer(PyObject * self, PyObject * args)
     539 {
     540   PyMOLGlobals *G = NULL;
     541-  char *vendor, *renderer, *version;
     542+  char *vendor = NULL, *renderer = NULL, *version = NULL;
     543   int ok = false;
     544   ok = PyArg_ParseTuple(args, "O", &self);
     545   if(ok) {
     546Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp
     547===================================================================
     548--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp      (revision 4039)
     549+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp      (working copy)
     550@@ -259,7 +259,7 @@ static int read_pbeq_data(void *v, int s
     551         int addr = z*nclx*ncly + y*nclx + x;
     552         if (fread(datablock + addr, 4, 1, fd) != 1) {
     553           printf("pbeqplugin) Error reading potential map cell: %d,%d,%d\n", x, y, z);
     554-          printf("pbeqplugin) offset: %d\n", ftell(fd));
     555+          printf("pbeqplugin) offset: %ld\n", ftell(fd));
     556           return MOLFILE_ERROR;
     557         }
     558         count++;
     559Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c
     560===================================================================
     561--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c      (revision 4039)
     562+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c      (working copy)
     563@@ -99,7 +99,7 @@ static void *open_molden_read(const char
     564                               const char *filetype,
     565                               int *natoms) {
     566   FILE *fd;
     567-  qmdata_t *data;
     568+  qmdata_t *data = NULL;
     569   moldendata_t *moldendata;
     570   char buffer[1024];
     571   char keystring[20];
     572Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c
     573===================================================================
     574--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c      (revision 4039)
     575+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c      (working copy)
     576@@ -375,7 +375,7 @@ static void *open_gamess_read(const char
     577                   const char *filetype, int *natoms) {
     578 
     579   FILE *fd;
     580-  qmdata_t *data;
     581+  qmdata_t *data = NULL;
     582   gmsdata *gms;
     583 
     584   /* open the input file */
     585Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp
     586===================================================================
     587--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp     (revision 4039)
     588+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp     (working copy)
     589@@ -1983,7 +1983,7 @@ namespace {
     590       }
     591     }
     592     catch (std::exception &e) {
     593-      fprintf(stderr, e.what());
     594+      fprintf(stderr, "%s", e.what());
     595       return MOLFILE_ERROR;
     596     }
     597     return MOLFILE_SUCCESS;
     598Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp
     599===================================================================
     600--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp     (revision 4039)
     601+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp     (working copy)
     602@@ -104,7 +104,7 @@ void Get_Property_Values(GRASSP *grassp,
     603 
     604   ///ojo aqui le quite el  !
     605   if ((grassp->flag)!=POTENTIALS) {
     606-    if (index >=0 && index <= 4)
     607+    if (index <= 4)
     608       printf("graspplugin) No data available for '%s' option\n", name[index]);
     609     else
     610       printf("graspplugin) out of range property, flag: %d index: %d\n", grassp->flag, index);
     611Index: modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h
     612===================================================================
     613--- modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h       (revision 4039)
     614+++ modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h       (working copy)
     615@@ -221,7 +221,7 @@ inline Fortran_Array1D<T> Fortran_Array1
     616 #ifdef TNT_DEBUG
     617                std::cout << "entered subarray. \n";
     618 #endif
     619-       if ((i0 > 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
     620+       if (((i0 > 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
     621        {
     622                Fortran_Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
     623                X.n_ = i1-i0+1;
     624Index: modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h
     625===================================================================
     626--- modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h       (revision 4039)
     627+++ modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h       (working copy)
     628@@ -258,7 +258,7 @@ inline int Array1D<T>::ref_count() const
     629 template <class T>
     630 inline Array1D<T> Array1D<T>::subarray(int i0, int i1)
     631 {
     632-       if ((i0 >= 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
     633+       if (((i0 >= 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
     634        {
     635                Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
     636                X.n_ = i1-i0+1;

  • files/pymol_shell.diff

     
    1 --- /dev/null   2011-04-22 23:16:48.000000000 -0400
    2 +++ setup/pymol_macports        2011-04-22 23:19:48.000000000 -0400
    3 @@ -0,0 +1,16 @@
     1--- /dev/null
     2+++ setup/pymol_macports
     3@@ -0,0 +1,21 @@
    44+#!/bin/sh
    55+#
    66+# PyMOL startup script
    … …  
    1616+#
    1717+# python modules
    1818+#
    19 +exec @@PYTHON_BINARY@@ @@PYTHON_PKGDIR@@/pymol/__init__.py -d "_ set stereo_double_pump_mono,quiet=1" "$@"
     19+HasRadeon=($(system_profiler SPDisplaysDataType | grep Radeon ))
     20+if [[ -z "$HasRadeon"  ]];then
     21+  exec @@PYTHON_BINARY@@ @@PYTHON_PKGDIR@@/pymol/__init__.py -d "_ set stereo_double_pump_mono,quiet=1" "$@"
     22+else
     23+  exec @@PYTHON_BINARY@@ @@PYTHON_PKGDIR@@/pymol/__init__.py -d "_ set stereo_double_pump_mono,quiet=1" "-M" "$@"
     24+fi

  • files/setup_py.diff

     
    1 --- setup.py.orig       2012-02-17 13:06:52.000000000 -0500
    2 +++ setup.py    2012-02-17 20:20:00.000000000 -0500
    3 @@ -153,7 +153,7 @@
    4          outputheader.close()
    5          outputfile.close()
     1--- setup.py.orig
     2+++ setup.py
     3@@ -47,18 +47,6 @@
     4     pmap(_single_compile, objects)
     5     return objects
    66 
    7 -        EXT = "/opt/local"
    8 +        EXT = "@PREFIX@"
    9          inc_dirs=["ov/src",
    10                    "layer0","layer1","layer2",
    11                    "layer3","layer4","layer5",
     7-# handle extra arguments
     8-class options:
     9-    osx_frameworks = False
     10-
     11-try:
     12-    import argparse
     13-    parser = argparse.ArgumentParser()
     14-    parser.add_argument('--osx-frameworks', action="store_true")
     15-    options, sys.argv = parser.parse_known_args(namespace=options)
     16-except ImportError:
     17-    print "argparse not available"
     18-
     19 jobs = int(os.getenv('JOBS', 0))
     20 pmap = map if jobs == 1 else multiprocessing.pool.ThreadPool(jobs or None).map
     21 
     22@@ -246,22 +234,17 @@
     23     try:
     24         prefix_path = os.environ['PREFIX_PATH'].split(os.pathsep)
     25     except KeyError:
     26-        prefix_path = ["/usr", "/usr/X11", "/opt/local", "/sw"]
     27+        prefix_path = ["@PREFIX@", "/usr", "/usr/X11"]
     28 
     29     for prefix in prefix_path:
     30         inc_dirs += filter(os.path.isdir, [prefix + s for s in ["/include", "/include/freetype2"]])
     31         lib_dirs += filter(os.path.isdir, [prefix + s for s in ["/lib64", "/lib"]])
     32 
     33-    if sys.platform == 'darwin' and options.osx_frameworks:
     34-        ext_link_args += [
     35-            "-framework", "OpenGL",
     36-            "-framework", "GLUT",
     37-        ]
     38-    else:
     39-        glut = posix_find_lib(['glut', 'freeglut'], lib_dirs)
     40-        pyogl_libs += ["GL", "GLU", glut]
     41+    glut = posix_find_lib(['glut', 'freeglut'], lib_dirs)
     42 
     43     libs += ["GLEW"]
     44+    pyogl_libs += ["GL", "GLU", glut]
     45+
     46     libs += pyogl_libs
     47 
     48     ext_comp_args += ["-ffast-math", "-funroll-loops", "-O3", "-fcommon"]