Ticket #38516: pymol-clang.diff

File pymol-clang.diff, 25.9 KB (added by howarth@…, 11 years ago)

patch to eliminate numerous clang warnings

  • layer0/ShaderMgr.c

    void CShaderPrg_ReplaceStringsInPlace(Py 
    150150    while (replaceStrings[i]){
    151151      slen = strlen(replaceStrings[i]);
    152152      rlen = strlen(replaceStrings[i+1]);
    153       while(rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i])){
     153      while((rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i]))){
    154154        strcpy(tmp_line, rstr + slen);
    155155        strcpy(rstr, replaceStrings[i+1]);
    156156        strcpy(rstr+rlen, tmp_line);
    void CShaderPrg_BindAttribLocations(PyMO 
    488488  if (I){
    489489    GLenum err ;
    490490    glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
    491     if (err = glGetError()){
     491    if ((err = glGetError())){
    492492      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
    493493    }
    494494    glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_NORMAL, "a_Normal");
    495     if (err = glGetError()){
     495    if ((err = glGetError())){
    496496      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Normal: %d\n", err ENDFB(G);
    497497    }
    498498    glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
    499     if (err = glGetError()){
     499    if ((err = glGetError())){
    500500      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
    501501    }
    502502    CShaderPrg_Link(I);
    void CShaderPrg_BindCylinderAttribLocati 
    510510  if (I){
    511511    GLenum err ;
    512512    glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_ORIGIN, "attr_origin");
    513     if (err = glGetError()){
     513    if ((err = glGetError())){
    514514      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_origin: %d\n", err ENDFB(G);
    515515    }
    516516    glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_AXIS, "attr_axis");
    517     if (err = glGetError()){
     517    if ((err = glGetError())){
    518518      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_axis: %d\n", err ENDFB(G);
    519519    }
    520520    glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR, "attr_color");
    521     if (err = glGetError()){
     521    if ((err = glGetError())){
    522522      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color: %d\n", err ENDFB(G);
    523523    }
    524524    glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR2, "attr_color2");
    525     if (err = glGetError()){
     525    if ((err = glGetError())){
    526526      PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color2: %d\n", err ENDFB(G);
    527527    }
    528528    CShaderPrg_Link(I);   
    void ShaderMgrConfig(PyMOLGlobals * G) { 
    842842    if (indicatorShader){
    843843      GLenum err ;
    844844      glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
    845       if (err = glGetError()){
     845      if ((err = glGetError())){
    846846        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
    847847      }
    848848      glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
    849       if (err = glGetError()){
     849      if ((err = glGetError())){
    850850        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
    851851      }
    852852      CShaderPrg_Link(indicatorShader);
  • layer0/Tetsurf.c

    static void TetsurfPurge(CTetsurf * II) 
    679679  if(I->Tri) {
    680680    VLAFreeP(I->Tri);
    681681  }
    682   if(I->PtLink);
    683   {
     682  if(I->PtLink) {
    684683    VLAFreeP(I->PtLink);
    685684  }
    686685  if(I->VertexCodes) {
  • layer0/Map.c

    int MapSetupExpress(MapType * I) 
    588588  register int *link = I->Link;
    589589  register int st, flag;
    590590  register int *i_ptr3, *i_ptr4, *i_ptr5;
    591   register int *e_list;
     591  register int *e_list = NULL;
    592592#ifdef _MemoryCache_ON
    593593  register int block_offset = I->block_base + cCache_map_elist_offset;
    594594  register int group_id = I->group_id;
  • layer1/Basis.c

    int BasisMakeMap(CBasis * I, int *vert2p 
    28682868  float ll;
    28692869  CPrimitive *prm;
    28702870  register int i;
    2871   register int *tempRef;
    2872   int n, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
     2871  register int *tempRef = NULL;
     2872  int n = 0, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
    28732873  int extra_vert = 0;
    28742874  float p[3], dd[3], *d1, *d2, vd[3], cx[3], cy[3];
    2875   float *tempVertex;
     2875  float *tempVertex = NULL;
    28762876  float xs, ys;
    28772877  int remapMode = true;         /* remap mode means that some objects will span more
    28782878                                 * than one voxel, so we have to worry about populating
  • layer1/CGO.c

    Z* ------------------------------------- 
    4747#define CLIP_NORMAL_VALUE(cv)  ((cv>1.f) ? 127 :  (cv < -1.f) ? -128 : pymol_roundf(((cv + 1.f)/2.f) * 255) - 128 )
    4848
    4949#define CHECK_GL_ERROR_OK(printstr)     \
    50   if (err = glGetError()){    \
     50  if ((err = glGetError())){    \
    5151     PRINTFB(I->G, FB_CGO, FB_Errors) printstr, err ENDFB(I->G);           \
    5252  }
    5353
    void CGOCountNumVerticesForScreen(CGO *I 
    22792279  *num_total_vertices = 0;
    22802280  *num_total_indexes = 0;
    22812281
    2282   while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
     2282  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
    22832283    save_pc = pc;
    22842284    err = 0;
    22852285    switch (op) {
    CGO *CGOOptimizeGLSLCylindersToVBOIndexe 
    43394339    GL_C_INT_TYPE *indexVals = 0;
    43404340    int tot = 4 * 4 * 3 * num_total_cylinders;
    43414341    short copyToLeftOver, copyColorToLeftOver, copyPickColorToLeftOver, copyAlphaToLeftOver, copyToReturnCGO ;
    4342     float *org_originVals;
     4342    float *org_originVals= NULL;
    43434343    float *org_axisVals;
    43444344    float *org_colorVals;
    43454345    float *org_color2Vals = NULL;
    static void CGO_gl_draw_label(CCGORender 
    71017101  int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
    71027102  float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
    71037103  CShaderPrg * shaderPrg;
    7104   int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     7104  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
    71057105  copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
    71067106  copy3f(*pc+3, screenMin);
    71077107  copy3f(*pc+6, screenMax);
    static void CGO_gl_draw_texture(CCGORend 
    71427142  int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
    71437143  float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
    71447144  CShaderPrg * shaderPrg;
    7145   int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
     7145  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
    71467146  copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
    71477147  copy3f(*pc+3, screenMin);
    71487148  copy3f(*pc+6, screenMax);
    int CGOCountNumberCustomCylinders(CGO *I 
    95289528int CGOChangeShadersTo(CGO *I, int frommode, int tomode){
    95299529  register float *pc = I->op;
    95309530  int op = 0, totops = 0;
    9531   while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
     9531  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
    95329532    totops++;
    95339533    switch (op) {
    95349534    case CGO_ENABLE:
  • layer1/Ortho.c

    void OrthoKey(PyMOLGlobals * G, unsigned 
    10141014        curLine = I->CurLine & OrthoSaveLines;
    10151015        if(I->PromptChar) {
    10161016          strcpy(buffer, I->Line[curLine]);
    1017           if(PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar));      /* just print, don't complete */
     1017          PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar);      /* just print, don't complete */
    10181018        }
    10191019      }
    10201020      break;
    void bg_grad(PyMOLGlobals * G) { 
    13941394
    13951395  {
    13961396    if (!I->bgCGO) {
    1397       CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2;
     1397      CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2 = NULL;
    13981398      ok &= CGOBegin(cgo, GL_TRIANGLE_STRIP);
    13991399      if (ok)
    14001400        ok &= CGOVertex(cgo, -1.f, -1.f, 0.98f);
  • layer1/P.c

    int PFlush(PyMOLGlobals * G) 
    26132613      /* don't run if we're currently banned */
    26142614      char *buffer = 0;
    26152615      int size, curSize = 0;
    2616       while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
     2616      while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
    26172617        if (!curSize){
    26182618          buffer = VLACalloc(char, size);
    26192619          curSize = size;
    int PFlushFast(PyMOLGlobals * G) 
    26572657  int did_work = false;
    26582658  char *buffer = 0;
    26592659  int size, curSize = 0;
    2660   while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
     2660  while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
    26612661    if (!curSize){
    26622662      buffer = VLACalloc(char, size);
    26632663      curSize = size;
  • layer1/Extrude.c

    int ExtrudeCGOSurfaceTube(CExtrude * I,  
    753753  float *v;
    754754  float *n;
    755755  float *c;
    756   float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     756  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
    757757  float v0[3];
    758758  int start, stop;
    759759  int ok = true;
    int ExtrudeCGOSurfacePolygon(CExtrude *  
    16831683  float *v;
    16841684  float *n;
    16851685  float *c;
    1686   float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     1686  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
    16871687  float v0[3];
    16881688  int ok = true;
    16891689
    int ExtrudeCGOSurfacePolygon(CExtrude *  
    17371737    for(b = 0; ok && b < I->Ns; b += 2) {
    17381738#ifdef _PYMOL_CGO_DRAWARRAYS
    17391739      int nverts = 2*I->N, pl = 0, plc = 0, damode = CGO_VERTEX_ARRAY | CGO_NORMAL_ARRAY | CGO_PICK_COLOR_ARRAY, nxtn = 3;
    1740       float *vertexVals, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     1740      float *vertexVals = NULL, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
    17411741      float *pickColorVals;
    17421742      GLenum mode = GL_LINE_STRIP;
    17431743      if(SettingGetGlobal_i(I->G, cSetting_cartoon_debug) < 1.5)
    int ExtrudeCGOSurfacePolygonTaper(CExtru 
    20482048      i = I->i;
    20492049      if (ok){
    20502050        int nverts = 2*I->N, pl = 0, plc = 0, damode = CGO_VERTEX_ARRAY | CGO_NORMAL_ARRAY | CGO_PICK_COLOR_ARRAY, nxtn = 3;
    2051         float *vertexVals, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
     2051        float *vertexVals = NULL, *normalVals, *colorVals = 0, *nxtVals = 0, *tmp_ptr;
    20522052        float *pickColorVals;
    20532053        if (color_override)
    20542054          ok &= CGOColorv(cgo, color_override);
    int ExtrudeCGOSurfaceStrand(CExtrude * I 
    21562156  float *v;
    21572157  float *n;
    21582158  float *c;
    2159   float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
     2159  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
    21602160  float v0[3], n0[3], s0[3], z[3] = { 1.0, 0.0, 1.0 };
    21612161  int subN;
    21622162  int ok = true;
  • layer1/Scene.c

    void SceneUpdate(PyMOLGlobals * G, int f 
    76407640      /* update all gadgets first (single-threaded since they're thread-unsafe) */
    76417641      rec = NULL;
    76427642      while(ListIterate(I->Obj, rec, next)) {
    7643         if((rec->obj->type == cObjectGadget)) {
     7643        if(rec->obj->type == cObjectGadget) {
    76447644          if(rec->obj->fUpdate)
    76457645            rec->obj->fUpdate(rec->obj);
    76467646        }
  • layer1/Control.c

    static void ControlDraw(Block * block OR 
    637637      but_bottom = y - (cControlBoxSize - 1);
    638638      but_height = cControlBoxSize;
    639639
    640       if((but_num == I->Active)) {
     640      if(but_num == I->Active) {
    641641        draw_button(but_left, but_bottom,
    642642                    but_width, but_height, lightEdge, darkEdge, pushed ORTHOCGOARGVAR);
    643643      } else if(((but_num == 6) && (SettingGetGlobal_b(G, cSetting_seq_view))) ||
  • layer2/RepCylBond.c

    Rep *RepCylBondNew(CoordSet * cs, int st 
    19981998            I->NSPC++;
    19991999          }
    20002000
    2001           if(s2 && (!marked[b2]) && (!stick_ball_filter_single_atoms || (ord==1 || adjacent_atoms[a2] && adjacent_atoms[a2][0] > 1))) {
     2001          if(s2 && (!marked[b2]) && (!stick_ball_filter_single_atoms || (ord==1 || (adjacent_atoms[a2] && adjacent_atoms[a2][0] > 1)))) {
    20022002              /* just once for each atom..., if stick_ball_filter is on, then only for atoms that have more than one adjacent atom */
    20032003            float vdw =
    20042004              stick_ball_ratio * ((ati2->protons == cAN_H) ? bd_radius : bd_radius_full);
  • layer2/RepSphere.c

    static void RepSphereRender(RepSphere *  
    19911991  int a;
    19921992  SphereRec *sp = I->SP;
    19931993  float alpha;
    1994   int n_quad_verts;
    1995   float radius;
     1994  int n_quad_verts = 0;
     1995  float radius = 0.0;
    19961996  int ok = true;
    19971997  short use_shader = SettingGetGlobal_b(G, cSetting_sphere_use_shader) &
    19981998                     SettingGetGlobal_b(G, cSetting_use_shaders);
  • layer2/ObjectMolecule2.c

    int ObjectMoleculeNewFromPyList(PyMOLGlo 
    36783678#else
    36793679  int ok = true;
    36803680  ObjectMolecule *I = NULL;
    3681   int discrete_flag;
     3681  int discrete_flag = 0;
    36823682  int ll;
    36833683  (*result) = NULL;
    36843684
    int ObjectMoleculeSort(ObjectMolecule *  
    43054305  register int a, b;
    43064306  CoordSet *cs, **dcs;
    43074307  AtomInfoType *atInfo;
    4308   int *dAtmToIdx;
     4308  int *dAtmToIdx = NULL;
    43094309  int ok = true;
    43104310  if(!I->DiscreteFlag) {        /* currently, discrete objects are never sorted */
    43114311    int n_bytes = sizeof(int) * I->NAtom;
  • layer2/RepDot.c

    static void RepDotRender(RepDot * I, Ren 
    192192              ok &= CGOColorv(cgo, v);
    193193              v += 3;
    194194            }
    195            /*      if(normals)  /* NORMALS do not get set for points
     195           /*      if(normals)  NORMALS do not get set for points
    196196                   CGONormalv(cgo, v);*/
    197197            v += 3;
    198198            if (ok)
    static void RepDotRender(RepDot * I, Ren 
    210210            I->shaderCGO = CGOOptimizeSpheresToVBONonIndexed(cgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + CGO_DRAW_SPHERE_BUFFERS_SZ);
    211211            CHECKOK(ok, I->shaderCGO);
    212212          } else {
    213             CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO;
     213            CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO = NULL;
    214214            CHECKOK(ok, convertcgo);
    215215            if (ok)
    216216              tmpCGO = CGOOptimizeToVBONotIndexed(convertcgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + I->N * 3 + 7);
    Rep *RepDotDoNew(CoordSet * cs, int mode 
    344344  float *countPtr = NULL;
    345345  int colorCnt, lastColor;
    346346  Vector3f v1;
    347   MapType *map;
     347  MapType *map = NULL;
    348348  SphereRec *sp = G->Sphere->Sphere[0];
    349349  int ds;
    350350  float max_vdw = MAX_VDW;
  • layer2/RepSurface.c

    static void RepSurfaceRender(RepSurface  
    33043304            if (ok)
    33053305              convertcgo->use_shader = true;
    33063306          } else if (I->Type == 2) {
    3307             CGO *convertcgo2, *simple;
     3307            CGO *convertcgo2, *simple = NULL;
    33083308            convertcgo2 = CGOConvertLinesToShaderCylinders(I->shaderCGO, 0);
    33093309            CHECKOK(ok, convertcgo2);
    33103310            if (ok)
    static int SurfaceJobRun(PyMOLGlobals *  
    45034503        }
    45044504        ok &= !G->Interrupt;
    45054505        if(ok) {
    4506           MapType *map, *solv_map;
     4506          MapType *map, *solv_map = NULL;
    45074507          map = MapNewFlagged(G, I->maxVdw + probe_rad_more,
    45084508                              I->coord, VLAGetSize(I->coord) / 3, NULL, NULL);
    45094509          CHECKOK(ok, map);
    static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl 
    57475747                SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
    57485748                if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
    57495749                  if((!present) || present[j]) {
    5750                     if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
     5750                    if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
    57515751                      float *v1 = coord + 3 * j;
    57525752                      if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
    57535753                        skip_flag = true;
    static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl 
    58425842                  SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
    58435843                  if(j > a)     /* only check if this is atom trails */
    58445844                    if((!present) || present[j]) {
    5845                       if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {      /* handle singularities */
     5845                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {      /* handle singularities */
    58465846                        float *v2 = coord + 3 * j;
    58475847                        if((v0[0] == v2[0]) && (v0[1] == v2[1]) && (v0[2] == v2[2]))
    58485848                          skip_flag = true;
    static SolventDot *SolventDotNew(PyMOLGl 
    60026002                  SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
    60036003                  if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
    60046004                    if((!present) || present[j]) {
    6005                       if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
     6005                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
    60066006                        float *v1 = coord + 3 * j;
    60076007                        if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
    60086008                          skip_flag = true;
  • layer2/RepCartoon.c

    CGO *GenerateRepCartoonCGO(CoordSet *cs, 
    26152615
    26162616#ifdef _PYMOL_CGO_DRAWARRAYS
    26172617        int nverts = nAt * 4, pl = 0;
    2618         float *vertexVals, *tmp_ptr;
     2618        float *vertexVals = NULL, *tmp_ptr;
    26192619        if (ok)
    26202620          vertexVals = CGODrawArrays(cgo, GL_LINES, CGO_VERTEX_ARRAY, nverts);     
    26212621        CHECKOK(ok, vertexVals);
  • layer2/ObjectMolecule.c

    CoordSet *ObjectMoleculeTOPStr2CoordSet( 
    14481448  int NPHIH, MPHIA, NHPARM, NPARM, NNB, NRES;
    14491449  int NBONA, NTHETA, NPHIA, NUMBND, NUMANG, NPTRA;
    14501450  int NATYP, NPHB, IFPERT, NBPER, NGPER, NDPER;
    1451   int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX, NMXRS, IFCAP;
     1451  int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX = 0, NMXRS, IFCAP;
    14521452  int NEXTRA, IPOL = 0;
    14531453  int wid, col;
    14541454  float BETA;
    CoordSet *ObjectMoleculeTOPStr2CoordSet( 
    20762076
    20772077    if(IFBOX > 0) {
    20782078
    2079       int IPTRES, NSPM, NSPSOL;
     2079      int IPTRES, NSPM = 0, NSPSOL;
    20802080
    20812081      if(amber7) {
    20822082        p = findflag(G, buffer, "SOLVENT_POINTERS", "3I8");
    int ObjectMoleculeAttach(ObjectMolecule  
    44314431  AtomInfoType *ai;
    44324432  int n, nn;
    44334433  float v[3], v0[3], d;
    4434   CoordSet *cs;
     4434  CoordSet *cs = NULL;
    44354435  int ok = true;
    44364436
    44374437  ok &= ObjectMoleculeUpdateNeighbors(I);
    int ObjectMoleculeMerge(ObjectMolecule * 
    97559755                        CoordSet * cs, int bondSearchFlag, int aic_mask, int invalidate)
    97569756{
    97579757  PyMOLGlobals *G = I->Obj.G;
    9758   int *index, *outdex, *a2i, *i2a;
     9758  int *index, *outdex, *a2i, *i2a = NULL;
    97599759  BondType *bond = NULL;
    97609760  register int a, b, lb = 0, ac;
    97619761  int c, nb, a1, a2;
    void ObjectMoleculeSeleOp(ObjectMolecule 
    1053910539                rms = MatrixFitRMSTTTf(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL, op->ttt);
    1054010540              else
    1054110541                rms = MatrixGetRMS(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL);
    10542               if((op->i1 == 2)) {
     10542              if(op->i1 == 2) {
    1054310543                ObjectMoleculeTransformTTTf(I, op->ttt, b);
    1054410544
    1054510545                if(op->i3) {
  • layer3/Selector.c

    static int SelectorSelect0(PyMOLGlobals  
    86158615    for(a = cNDummyAtoms; a < I->NAtom; a++) {
    86168616      b = i_obj[i_table[a].model]->AtomInfo[i_table[a].atom].protons;
    86178617      base[0].sele[a] = (
    8618           b >  2 && b <  5 ||
    8619           b > 10 && b < 14 ||
    8620           b > 18 && b < 32 ||
    8621           b > 36 && b < 51 ||
    8622           b > 54 && b < 85 ||
     8618          (b >  2 && b <  5) ||
     8619          (b > 10 && b < 14) ||
     8620          (b > 18 && b < 32) ||
     8621          (b > 36 && b < 51) ||
     8622          (b > 54 && b < 85) ||
    86238623          b > 86);
    86248624    }
    86258625    break;
  • layer3/Executive.c

    static int ExecutiveDrag(Block * block,  
    1591515915                          ExecutiveSpecSetVisibility(G, rec, true, mod, false);
    1591615916                          I->LastChanged = rec;
    1591715917                        }
    15918                         if((mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL))) {
     15918                        if(mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL)) {
    1591915919                          if(rec != I->LastZoomed)
    1592015920                            ExecutiveWindowZoom(G, rec->name, 0.0F, -1, false, -1.0F,
    1592115921                                                true);
  • layer3/PlugIOManager.c

    int PlugIOManagerLoadTraj(PyMOLGlobals * 
    225225                      ENDFB(G);
    226226                  }
    227227
    228                   if(stop > 0 && cnt >= stop || max > 0 && ncnt >= max) {
     228                  if((stop > 0 && cnt >= stop) || (max > 0 && ncnt >= max)) {
    229229                    cs = NULL;
    230230                    break;
    231231                  }
  • layer4/Cmd.c

    static PyObject *CmdMapHalve(PyObject *  
    18461846static PyObject *CmdGetRenderer(PyObject * self, PyObject * args)
    18471847{
    18481848  PyMOLGlobals *G = NULL;
    1849   char *vendor, *renderer, *version;
     1849  char *vendor = NULL, *renderer = NULL, *version = NULL;
    18501850  int ok = false;
    18511851  ok = PyArg_ParseTuple(args, "O", &self);
    18521852  if(ok) {
  • contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp

    static int read_pbeq_data(void *v, int s 
    259259        int addr = z*nclx*ncly + y*nclx + x;
    260260        if (fread(datablock + addr, 4, 1, fd) != 1) {
    261261          printf("pbeqplugin) Error reading potential map cell: %d,%d,%d\n", x, y, z);
    262           printf("pbeqplugin) offset: %d\n", ftell(fd));
     262          printf("pbeqplugin) offset: %ld\n", ftell(fd));
    263263          return MOLFILE_ERROR;
    264264        }
    265265        count++;
  • contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c

    static void *open_molden_read(const char 
    9999                              const char *filetype,
    100100                              int *natoms) {
    101101  FILE *fd;
    102   qmdata_t *data;
     102  qmdata_t *data = NULL;
    103103  moldendata_t *moldendata;
    104104  char buffer[1024];
    105105  char keystring[20];
  • contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c

    static void *open_gamess_read(const char 
    375375                  const char *filetype, int *natoms) {
    376376
    377377  FILE *fd;
    378   qmdata_t *data;
     378  qmdata_t *data = NULL;
    379379  gmsdata *gms;
    380380
    381381  /* open the input file */
  • contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp

    namespace { 
    19831983      }
    19841984    }
    19851985    catch (std::exception &e) {
    1986       fprintf(stderr, e.what());
     1986      fprintf(stderr, "%s", e.what());
    19871987      return MOLFILE_ERROR;
    19881988    }
    19891989    return MOLFILE_SUCCESS;
  • contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp

    void Get_Property_Values(GRASSP *grassp, 
    104104
    105105  ///ojo aqui le quite el  !
    106106  if ((grassp->flag)!=POTENTIALS) {
    107     if (index >=0 && index <= 4)
     107    if (index <= 4)
    108108      printf("graspplugin) No data available for '%s' option\n", name[index]);
    109109    else
    110110      printf("graspplugin) out of range property, flag: %d index: %d\n", grassp->flag, index);
  • modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h

    inline Fortran_Array1D<T> Fortran_Array1 
    221221#ifdef TNT_DEBUG
    222222                std::cout << "entered subarray. \n";
    223223#endif
    224         if ((i0 > 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
     224        if (((i0 > 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
    225225        {
    226226                Fortran_Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
    227227                X.n_ = i1-i0+1;
  • modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h

    inline int Array1D<T>::ref_count() const 
    258258template <class T>
    259259inline Array1D<T> Array1D<T>::subarray(int i0, int i1)
    260260{
    261         if ((i0 >= 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
     261        if (((i0 >= 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
    262262        {
    263263                Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
    264264                X.n_ = i1-i0+1;